Pembentukan Sekretariat Daerah Kabupaten Sleman diwarnai dengan sejarahnya yang panjang dimulai dari Tahun 1962 dengan diterbitkannya Peraturan Daerah Tingkat II Sleman Nomor: 1 a/1962 tentang Susunan Administrasi. Dijelaskan dalam peraturan tersebut adanya uraian tugas-tugas bagian-bagian. Pada Tahun 1979, terbit Peraturan Daerah Kabupaten Daerah Tingkat II Sleman Nomor 2 Tahun 1979 tentang Susunan Organisasi dan Tatakerja Sekretariat Wilayah/Daerah Tk II Sleman dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Daerah Tk II Sleman. Di dalam Peraturan ini, Bagian Kesejahteraan Rakyat di bagi ke dalam 3 subbagian yaitu Subbagian Sosial, Subbagian Agama, Pendidikan dan Kebudayaan dan Subbagian Kesejahteraan Masyarakat.

Di Tahun 1984 untuk pertama kalinya terbit Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 1984 tentang Perubahan Perda Kab. Dati II Sleman Nomor 2 Tahun 1979 tentang Susunan Organiasi Sekretariat dan Sekretariat DPRD. Setelah itu dilanjutkan dengan terbitnya Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 1993 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Setwilda dan Sekretariat DPRD Kabdati II Sleman.

Di Tahun 2002 terbit Keputusan Bupati Sleman Nomor: 36/Kep.KDH/A/2002 tentang Uraian Tugas Subbagian pada Sekretariat Daerah, Keputusan ini terbit setelah dicabutnya Keputusan Bupati Sleman Nomor 12 Tahun 2001 tentang Struktur Organisasi, Penjabaran Tugas Pokok dan Fungsi, serta Tata Kerja Sekretariat Daerah. Dalam Keputusan Bupati ini dijelasakan bahwa ada 9 Bagian di Sekretariat Daerah yaitu Bagian Tata Pemerintahan, Bagian Pemerintahan Desa , Bagian Hukum, Bagian Pengembangan Perekonomian, Bagian Administrasi Pembangunan, Bagian Kesejahteraan Rakyat, Bagian Organisasi, Bagian Umum dan Bagian Humas. Masing-masing bagian memiliki sub bagian yang uraian tugas sudah terinci, jelas dan tegas mengenai pekerjaan-pekerjaan yang dilakukan.

Di Tahun 2009 terbit Peraturan Bupati Sleman Nomor 40 Tahun 2009 tentang Uraian, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah. Dalam Peraturan Bupati ini tidak banyak perubahan hanya saja ada perubahan dalam nama Bagian yaitu yang berubah pada Bagian Perekonomian dan Bagian Administrasi dan Pengendalian Pembangunan. Peraturan ini berubah dengan terbitnya Peraturan Bupati Sleman No 46 Tahun 2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Bupati Sleman Nomor 40 Tahun 2009 tentang Uraian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah.

Di Tahun 2016 dengan terbitnya Peraturan Bupati Sleman Nomor 47 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Sekretariat Daerah, Sekretariat Daerah terdiri dari 9 Bagian yaitu Bagian Pemerintahan, Hukum, Kesejahteraan Rakyat, Bagian Perekonomian, Bagian Pembangunan, Bagian Layanan Pengadaan, Bagian Organisasi, Bagian Umum, dan Bagian Hubungan Masyarakat dan Protokol. Ada satu Bagian disini yang baru yaitu Bagian Layanan Pengadaan, dan hilangnya Bagian Pemerintahan Desa yang menjadi Dinas Pemberdayaan Masyarakat Daerah.

Tahun 2018 dengan dicabutnya Keputusan Bupati Sleman Nomor 47 Tahun 2016, maka terbit Keputusan Bupati Sleman Nomor 38 Tahun 2018 tentang Perubahan Atas Peraturan Bupati Nomor 47 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah. Dalam peraturan ini merubah Bagian Layanan Pengadaan menjadi Bagian Pengadaan Barang/Jasa. Di Tahun 2020 dengan terbitnya Peraturan Bupati Nomor 55.2 Tahun 2020 maka Peraturan Bupati Nomor 38 Tahun 2018 dicabut. Peraturan Bupati Nomor 55.2 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah.

Dalam Peraturan ini ada 4 Bagian di Sekretariat Daerah yang berubah yaitu menjadi Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam yang sebelumnya Bagian Perekonomian, Bagian Administrasi Pembangunan yang sebelumnya Bagian Pembangunan, Bagian Pengandaan Barang dan Jasa yang sebelumnya Bagian Pengadaan Barang/Jasa, dan Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan yang sebelumnya Bagian Hubungan Masyarakat dan Protokol. Di Tahun 2021 terbit Keputusan Bupati Sleman Nomor 55.1 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah.

Di Tahun 2024 ini terbit Peraturan Bupati Sleman Nomor 3 Tahun 2024 tentang Kedudukan, Susunan Organiasi, Tugas dan Fungsi, Serta Tata Kerja Sekretariat Daerah. Berdasarkan Perub Sleman No 3 Tahun 2024 ini memutuskan Sekretariat Daerah merupakan unsur staf yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah dan bertanggung jawab kepada Bupati. Sekretariat Daerah mempunyai tugas membantu Bupati dalam pengoordinasian penyusunan kebijakan, pengoordinasian pelaksanaan tugas perangkat daerah, pemantauan dan evaluasi kebijakan daerah, dan pelayanan administratif perangkat daerah.